Sul numero di Luglio di MSDN Magazine è uscito un interessante articolo sulla condivisione del codice tra applicazioni sviluppate per sistemi desktop (quindi con il .NET Framework completo) e quelle sviluppate per i dispositivi mobili (quindi con .NET Compact Framework).
For the last several years, while developers were building Microsoft® .NET Framework client applications for Windows®, many had no idea that they could also have been creating applications for Windows Mobile® using the same skills and toolsets. But Windows Mobile wasn’t as widespread in the enterprise then, so the need to write custom applications targeting mobile devices was not as great. Today, there’s a huge demand and many desktop developers are getting their feet wet with mobile development. Unfortunately, many miss the opportunity to share their .NET code cross-platform even though it is relatively easy to do so.
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Il mio personale consiglio (e non solo mio), è che quando si sa già che una applicazione deve "girare" su entrambe le piattaforme, conviene sempre sviluppare prima l'applicazione per il dispositivo mobile e poi "portarla" sul desktop. Il CF infatti, come noto, è un sottoinsieme del (Full)Framework e, quanto implementato nella versione 2.0 è compatibile 1:1 con il Framework normale (vuol dire che se un oggetto c'è nel CF, è uguale a quello del Framework).
Spesso però (ed è normale che sia così), le applicazioni per dispositivi mobili differiscono, se pur di poco, da quelle per normali PC ed è qui che le informazioni riportate in questo articolo sono davvero preziose.
Lettura caldamente consigliata 
Share Code: Write Code Once For Both Mobile And Desktop Apps -- MSDN Magazine, July 2007